Profesor Zbigniew Madeja jest biologiem komórki specjalizującym się w badaniach aktywności ruchowej komórek prawidłowych i nowotworowych. Jest autorem lub współautorem ponad 120 publikacji naukowych oraz kilku patentów. Brał udział w realizacji kilkunastu grantów badawczych krajowych i międzynarodowych. Prof. Madeja związany jest od samego początku z Uniwersytetem Jagiellońskim w Krakowie. To tutaj ukończył studia na kierunku Biologia (1985), otrzymał stopień doktora (1991) i doktora habilitowanego (2003) oraz tytuł naukowy profesora nauk biologicznych (2010). Przebywał na stażach i stypendiach naukowych w Karolinska Institutet w Szwecji i Uniwersytecie Berneńskim w Szwajcarii. Jego główne funkcje pełnione na Wydziale Biochemii, Biofizyki i Biotechnologii to kierownik Zakładu Biologii Komórki WBBiB (od 2006), Prodziekan ds. nauki i współpracy międzynarodowej (2012-2014), Dziekan WBBiB (2014 -2020). W czasie sprawowania przez niego funkcji prodziekana i dziekana, Wydział BBiB UJ dwukrotnie uzyskał kategorię A+ oraz status Krajowego Naukowego Ośrodka Wiodącego (KNOW) w ramach Jagiellońskiego Konsorcjum Naukowo-Biznesowego dla Badań Biomolekularnych i Komórkowych.

Profesor Madeja pełnił również funkcje członka: Senatu UJ i licznych Senackich Komisji, Rady Nadzorczej Jagiellońskiego Centrum Innowacji, Rady Nadzorującej Centrum Rozwoju Systemów Zintegrowanych UJ, Rady Centrum Promieniowania Synchrotronowego, Rady Kampusu 600-lecia Odnowienia UJ, Rady Małopolskiego Centrum Biotechnologii, Rady Nadzorującej Jagiellońskiego Centrum Rozwoju Leków - JCET.

Profesor Madeja jest członkiem licznych towarzystw i komitetów, takich jak: Polskie Towarzystwo Biologii Komórki (Vice Przewodniczący Krakowskiego Oddziału w latach 2003-2008), Komitetu Cytobiologii przy II Wydziale PAN (od 2003, w kadencji 2011-2014 członek Prezydium Komitetu), Rady Naukowej Instytutu Biologii Doświadczalnej im. M. Nenckiego Polskiej Akademii Nauk w Warszawie (2007-2010), Komitetu Biologii Molekularnej Komórki Polskiej Akademii Nauk (od 2016).